Tantangan yang dihadapi bangsa selama ini begitu bervariasi sepertilemahnya kualitas sumberdaya manusia, kemiskinan, pendapatan dan pemerataan yang timpang, pengangguran, ketertinggalan teknologi, infrastruktur, kerusakan lingkungan, tingginya volume impor bahan pangan, dan persaingan komoditi ekspor . Itu semua mengindikasikan terjadinya tragedi dalam hal kemanusiaan, liberalisasi pasar, rendahnya penguasaanteknologi dan kerusakan lingkungan.

         Tantangan tersebut tidak lepas kaitannya dengan karakteristik globalisasi gelombang ketiga atau tidak terkendalinya globalisasi neo-liberal yang semakin mengancam kehidupan berbangsa dan bernegara dan bermasyarakat. Tanpa disadari gelombang tersebut telah banyak menguras sumberdaya alam, penguatan para pemilik modal, terjadinya ketimpangan pendapatan, dan timbulnya kesalahan alokasi sumberdaya termasuk berkembangannya pola konsumsi yang cenderung sangat materialistik dan sekularisme.

          Pada tahap sekarang dimana terjadi transisi demokrasi maka hal itu akan lebih bermakna bagi rakyat bila terjadi transformasi ekonomi. Hal demikian sangat diperlukan mengingat selama ini arus ekonomi yang terjadi di dunia berpihak kepada negara maju. Liberalisasi perdagangan, lalu lintas modal raksaksa dan rekayasa sektor keuangan bisa mengancam perekonomian nasional Indonesia. Dalam hal inilah IPB hendaknya mampu berperan sebagai pengoreksi dan pencetus gagasan-gagasan maju setiap kebijakan pembangunan nasional khususnya pembangunan pertanian.

       Tantangan Pembangunan Pertanian yang dihadapi bangsa Indonesia antara lain:1) belum maksimumnya produktivitas dan nilai tambah produk pertanian di beberapa sentra produksi disamping terjadinya konversi lahan di p Jawa yang sulit dikendalikan; 2) kurangnya perbaikan dan pembangunan infrastruktur lahan dan air serta perbenihan dan perbibitan; 4) masih kurangnya akses pembiayaan pertanian dengan suku bunga rendah bagi petani/peternak dan nelayan kecil; 5) belum tercapainya Millenium Development Goals (MDG’s) yang mencakup angka kemiskinan, pengangguran, dan rawan pangan; 5) kurangnya kebijakan yang proporsional untuk produk-produk pertanian khusus; 6) lemahnya persaingan global dalam berbagai dimensi produk, mutu, teknologi, sumberdaya manusia, dan efisiensi; 7) menurunnya citra petani dan pertanian serta pentingnya diciptakan suatu keadaan agar kembali diminati generasi muda: 8) masih lemahnya kelembagaan usaha ekonomi produktif di perdesaan; 9) pentingnya sistem penyuluhan pertanian yang inovatif; dan 10) bagaimana kebijakan insentif yang tepat agar sektor pertanian menjadi bidang usaha yang menarik dan menjanjikan.

         Pemikiran besar perguruan tinggi pertanian seperti IPB bisa dalam bentuk gagasan sistem pembelajaran, riset dan pengembangan berbasis pada kebutuhan pertanian arti luas, proteksi kepada petani untuk komoditi tertentu, tata niaga yang berpihak kepada rakyat, penguatan di sektor riil, perluasan lapangan kerja dan usaha yang berbasis kepada UMKM (usaha mikro kecil dan menengah), pembangunan modal manusia di sektor pendidikan, kesehatan dan keagamaan, serta perhatian terhadap sistem nilai tukar dan rejim devisa.

        Pengembangan tridarma perguruan tinggi khususnya IPB masih menghadapi tantangan yang tidak sedikit. Salah satunya yang utama adalah keterbatasan dana/anggaran untuk pendidikan, riset dan pengembangan, dan peningkatan kualitas dosen (studi lanjutan) dan tenaga kependidikan. Karena itu pengembangan jejaring kerjasama dengan industri dan bisnis multinasional dianggap sangat penting utamanya di bidang riset dan pengembangan.